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Lo primero que necesitamos es descargar el código fuente de uWSGI:

git clone https://github.com/unbit/uwsgi.git

Ahora, ya podemos compilar el plugin:

$ cd uwsgi/ 
$ PYTHON=python3.5 uwsgi --build-plugin "plugins/python python35"
*** uWSGI building and linking plugin from plugins/python ***
[gcc -pthread] python35_plugin.so
build time: 3 seconds
*** python35 plugin built and available in python35_plugin.so ***

Con esto ya tenemos compilado el archivo del plugin python35_plugin.so el cual podemos copiar el directorio donde se encuentran el resto de plugins de uWSGI. En Arch Linux éste es: /usr/lib/uwsgi/. Ahora, en el archivo ini del sitio a servir, cambiamos el plugin python por el de la versión que hemos compilado:

# mysite_uwsgi.ini file
[uwsgi]
plugins = python35

Con esto ya podemos compilar el plugin de Python en la versión que queramos.